Что лучший способ состоит в том, чтобы автоматически транспонировать исходный файл LilyPond в несколько ключей?

Вы можете обратиться к переменной мелодии и перенести ее в нужные клавиши:

melody = \relative c' { c8 e c e g4 g }
\score {
  \transpose c d \melody
}
\score {
  \transpose c e \melody
}
% etc.

Если вы хотите вывести транспозиции в виде отдельных файлов, вставьте их в \ book блоки.