Попробуйте использовать Query grouping
Ссылку для него
http://www.codeigniter.com/userguide3/database/query_builder.html#query-grouping
Вы можете исключить классы из инструментария. Тогда они не должны появляться в отчетах. См. Инструкции exclude ниже.
Вы также можете игнорировать вызовы некоторых методов. См. инструкцию ignore ниже.
Если вы используете maven, см. руководство по плагину maven .
<configuration>
<instrumentation>
<ignores>
<ignore>com.example.boringcode.*</ignore>
</ignores>
<excludes>
<exclude>com/example/dullcode/**/*.class</exclude>
<exclude>com/example/**/*Test.class</exclude>
</excludes>
</instrumentation>
</configuration>
А про муравьев см. this .
<cobertura-instrument todir="${instrumented.dir}">
<ignore regex="org.apache.log4j.*" />
<fileset dir="${classes.dir}">
<include name="**/*.class" />
<exclude name="**/*Test.class" />
</fileset>
<fileset dir="${jars.dir}">
<include name="my-simple-plugin.jar" />
</fileset>
</cobertura-instrument>