Мне удалось найти реализации большинства нужных мне алгоритмов, используя комбинацию поиска по Википедии + Google Code.
http://en.wikipedia.org/wiki/Category:Algorithms_on_strings
http://www.google.com/codesearch
Хотя странно, что никто не создал проект на эту тему, где заинтересованные люди могли бы сотрудничать по этому вопросу.
Однажды я столкнулся с этой проблемой и так и не получил полностью чистого удаления Aptana из Eclipse. В итоге я просто повторно загрузил новую копию Eclipse и начал заново. Мне пришлось переустановить несколько других плагинов, но это было проще, чем пытаться найти все остатки Aptana. На тот момент автономная (не подключаемая) версия Aptana в целом работала лучше, поэтому я просто согласился.
Ага. Просто была такая же проблема. Не удалось найти хороших решений в Интернете, поэтому я сделал следующее:
find / -name '* aptana *' -print0 | xargs -0 rm -rf
Похоже, сработало довольно хорошо, хотя Aptana кое-где оставила небольшие доказательства.