IonicIsapiRewriter не работает над Windows 2008, но делает в Vista

Если я правильно понимаю ваш вопрос, все, что вам нужно, это класс Comparable для представления строки.

public static class Row
implements Comparable<Row> {
  public Row(int sij, int i, int j) {
    this.sij = sij;
    this.i = i;
    this.j = j;
  }

  public int compareTo(Row other) {
    return Integer.valueOf(sij).compareTo(other.sij);
  }

  public final int sij;
  public final int i;
  public final int j;
}

Затем можно заполнить List экземплярами Row и использовать Collections.sort для его сортировки.