С Xcode 4.2 вы можете использовать флаг -scheme, чтобы сделать это:
xcodebuild -scheme <SchemeName> archive
После этой команды Архив появится в Xcode Organizer.
Это легко сделать с помощью следующей команды:
C:\RIM\JDE_4.7.0\bin\JavaLoader.exe -u load <.cod file>
С этой командой вам вообще не нужен alx, только файл cod. См. Справку по использованию JavaLoader, чтобы увидеть все параметры.