Я думаю, что файл хранилища ключей, который вы хотите использовать, имеет другой или неподдерживаемый формат по сравнению с вашей версией Java. Не могли бы вы опубликовать дополнительную информацию о своей задаче?
В общем, для решения этой проблемы вам может потребоваться воссоздать все хранилище ключей (например, используя другую версию JDK). При экспорте-импорте ключи между старым и новым - если вам удастся открыть старый где-то еще.
Если это просто неподдерживаемая версия, попробуйте, например, BouncyCastle провайдера криптографии (хотя я не уверен, добавит ли он поддержку Java для большего количества типов хранилищ ключей?) .
Изменить: Я просмотрел спецификацию функций BC.
Ваше хранилище ключей повреждено, и вам придется восстановить или регенерировать его.