ошибка в csproj - дублирующийся элемент

Отражательная или сериализация XML - то, что Вы ищете.

Используя отражение Вы могли искать тип с помощью чего-то вроде этого

public IYourInterface GetClass(string className)
{
    foreach (Assembly asm in AppDomain.CurrentDomain.GetAssemblies()) 
    {            
        foreach (Type type in asm.GetTypes())
        {
            if (type.Name == className)
                return Activator.CreateInstance(type) as IYourInterface;
        }   
    }

    return null;
}

Примечание, что это пройдет все блоки. Вы могли бы хотеть уменьшить его, чтобы только включать в настоящее время выполняющийся блок.

Для присвоения значений свойств Вы также используете отражение. Что-то вроде

IYourInterface o = GetClass("class1");
o.GetType().GetProperty("prop1").SetValue(o, "foo", null);

, В то время как отражение могло бы быть наиболее гибким решением, необходимо также смотреть на сериализация XML для пропуска выполнения тяжелого подъема себя.