Если вы не пишете подключаемый модуль, вы можете отредактировать файл .project и удалить природу подключаемого модуля и, возможно, также природу инструментов api, если она там есть.
<projectDescription>
...
<natures>
<nature>org.eclipse.pde.PluginNature</nature>
<nature>org.eclipse.jdt.core.javanature</nature>
<nature>org.eclipse.pde.api.tools.apiAnalysisNature</nature>
</natures>
</projectDescription>
Это простой Java-проект? А какую версию eclipse (и плагинов) вы используете?
Поскольку для проекта (модели) EMF, build.properties не будет существовать, пока мы не сгенерируем модель (как упомянуто здесь ).
В противном случае попробуйте полностью обновить проект и / или проверьте, есть ли в вашем проекте файл, ссылающийся на файлы build.properties.