LDAP является Облегченный протокол доступа к каталогам. В основном это - протокол, используемый для доступа к данным из базы данных (или другой источник), и это главным образом подходит для больших количеств запросов и минимальных обновлений (вид вещи, которую Вы использовали бы для данных для входа, например).
LDAP самостоятельно не обеспечивает базу данных, просто средство запросить данные в базе данных.
Согласно "git help rm",
git rm --cached file
должен делать то, что вы хотите.