BSD md5 по сравнению с выходным форматом GNU md5sum?

Думаю, исторические причины. Между тем, -q подавляет вывод «MD5 (...) =», поэтому md5 -q checkum.md5 дает

9eb7a54d24dbf6a2eb9f7ce7a1853cd0

Это подразумевается, если md5 не получает никаких аргументов и читает из stdin. К сожалению, md5sum в этом случае оставляет «-» за контрольной суммой («9eb7a54d24dbf6a2eb9f7ce7a1853cd0 -»), поэтому, если вы ищете какую-то универсальную функцию для возврата контрольной суммы, вот что может помочь:

checksum() {
        (md5sum <"$1"; test $? = 127 && md5 <"$1") | cut -d' ' -f1
}
checksum /etc/hosts

На странице руководства FreeBSD говорится об аргументах

   -p      Echo stdin to stdout and append the checksum to stdout.

 -q      Quiet mode ‐ only the checksum is printed out.  Overrides the -r
         option.

 -r      Reverses the format of the output.  This helps with visual diffs.
         Does nothing when combined with the -ptx options.

 -t      Run a built‐in time trial.

 -x      Run a built‐in test script.