JBoss: ВОЕННЫЙ файл в EAR не может найти библиотеку JAR по пути к классу

Тег в application.xml является функцией JavaEE5, и я не думаю, что JBoss 4.3 полностью совместим с JavaEE5 (он может выполнять EJB3, да, но это только частичная поддержка).

Поэтому вам нужно вернуться к использованию явно объявленных файлов JAR:

<module>
    <java>lib/core.jar</java>
</module>

Что касается файлов свойств, вы необходимо добавить каталог, в котором они находятся, как модуль java, поэтому для вашего примера:

<module>
    <java>lib/classes</java>
</module>