Как отобразить наборы в Dozer

Происходит то, что вас укусило стирание типа. Во время выполнения java видит только ArrayList.class . Типа CustomObject и NewObject нет, поэтому Dozer пытается сопоставить java.util.ArrayList , а не ваш CustomObject ] в NewObject .

Что должно работать (полностью непроверено):

List<CustomObject> ori = new ArrayList<CustomObject>();
List<NewObject> n = new ArrayList<NewObject>();
for (CustomObject co : ori) {
    n.add(MAPPER.map(co, CustomObject.class));
}