Чтение текстовых файлов с помощью read.table

From ? Read.table : количество столбцов данных определяется путем просмотра первых пяти строк ввода (или всего файла, если в нем менее пяти строк ), или от длины col.names, если она указана и длиннее. Вероятно, это могло быть неправильно, если fill или blank.lines.skip истинны, поэтому при необходимости укажите имена столбцов.

Так что, возможно, ваш файл данных не чистый. Более конкретная информация поможет импорту данных:

d = read.table("foobar.txt", 
               sep="\t", 
               col.names=c("id", "name"), 
               fill=FALSE, 
               strip.white=TRUE)

будет указывать точные столбцы, а fill = FALSE приведет к созданию фрейма данных из двух столбцов.