Будьте в спящем режиме: Внешний ключ имеет неправильное число столбцов

Чтобы разрешить исключение referencedColumnName

В User введите

@ManyToMany(cascade={CascadeType.PERSIST, cascadeType.MERGE})
private Collection<Permission> permissions;

И в Permission

@ManyToMany(mappedBy="permissions")
@JoinTable(name="tblUserPermission",
 joinColumns={@JoinColumn(name="permissionId", referencedColumnName="permissionId")},
 inverseJoinColumns={
 @JoinColumn(name="username", referencedColumnName="username"),                         
 @JoinColumn(name="countyId", referencedColumnName="countyId")})
private Collection<User> users;

UserId class

public class UserId implements Serializable {

    private String username;

    private Integer countyId;

    // getter's and setter's

    public boolean equals(Object o) {

        if(o == null)
            return false;

        if(!(o instanceof UserId))
            return false;

        UserId id = (UserId) o;
        if(!(getUsername().equals(id.getUsername()))
            return false;

        if(!(getCountyId().equals(id.getCountyId()))
            return false;

        return true;
    }

    public int hachcode() {
       // hashcode
    }

}

Затем в User class поместите

@Entity
@Table(name="tblUser")
@IdClass(UserId.class)
public class User ... {

    @Id
    private String username;

    @Id
    private Integer countyId;

}

с уважением,