Какие языки функционального программирования имеют библиотеки биоинформатики? [закрытый]
5 ответов
Считаете ли вы R функциональным, а не многопарадигмальным языком?
Если да, то R имеет самый большой набор библиотек для биоинформатики. В CRAN много модулей, но BioConductor - это то, что вы ищете. Это как активное сообщество, и большинство библиотек были опубликованы в рецензируемых журналах.
примечание: я думаю, что кроме perl, python и некоторых небольших усилий в C / C ++ и Java, ни один другой язык программирования не имеет хороших библиотеки биоинформатики вообще.
- Biohaskell существует: блог , другая ссылка
- Сторонники Scala упоминают, что они могут использовать BioJava: Scala для биоинформатики
The best-maintained, all-purpose, language-specific bioinformatics libraries are supported by the Open Bioinformatics Foundation: BioPerl, Biopython, BioJava, BioRuby, and BioLib (C++). These libraries are so convenient it's often easier to just write a script in one of those languages even if you'd prefer a different language otherwise.
As Andrew pointed out, you can use BioJava with from a JVM-based functional language like Scala or Clojure.
BioLib is newer than the others, but it's meant to work well with SWIG so any other language can link it. Haskell has a good FFI, so you could try using it with Biolib the NCBI toolkit library -- those are probably maintained better than BioHaskell.
И наоборот, писать программы на Haskell настолько удобен, что зачастую проще самостоятельно предоставить недостающие функции, чем пытаться понять чей-то непонятный императивный код.
Хотя Эрик не согласен с моими навыками обслуживания (эй, исправления приняты, вы знаете), я думаю, что Haskell - хорошая платформа для биоинформатики, позволяющая пользователю писать краткий и производительный код. Работает для меня!
Я начал первый серьезный проект BioScala , который включает в себя руководство и философию дизайна в ./doc. Кроме того, я объясняю использование Scala для биоинформатики на blog.thebird.nl. BioScala находится в стадии разработки. Поскольку вы можете использовать как BioJava, так и BioRuby из Scala - а вскоре и BioLib - вы можете сразу приступить к делу.