Действительно ли возможно скомпилировать двоичные файлы Windows на машине Linux?

Другой ударили этого по голове:

• стандартные аргументы main(int argc, char **argv) предоставляют Вам прямой доступ к командной строке (после того, как это искажалось и маркировалось оболочкой)
• существует очень стандартное средство для парсинга командной строки: getopt() и getopt_long()

, но как Вы видели, код для использования их немного многословен, и вполне idomatic. Я обычно продвигаю его из представления с чем-то как:

typedef
struct options_struct {
   int some_flag;
   int other_flage;
   char *use_file;
} opt_t;
/* Parses the command line and fills the options structure, 
 * returns non-zero on error */
int parse_options(opt_t *opts, int argc, char **argv);

Затем первая вещь в основном:

int main(int argc, char **argv){
   opt_t opts;
   if (parse_options(&opts,argc,argv)){
      ...
   } 
   ...
}

Или Вы могли использовать одно из решений, предложенных в анализирующие Аргумент помощники для C/UNIX.