Как сравнить файл в проекте с одним в файловой системе в затмении?

Простой способ - создать временную копию в вашем рабочем пространстве Eclipse в том же каталоге, чтобы сделать это еще проще. Потом сравните, потом удалите.

Не идеальный теоретический способ, но быстрый и простой для запоминания.

Это то, что я использую, но я открыт для улучшения своих способов: -)