Компонент Wix с файлами в различных каталогах

Нет.

См. документацию по установщику Windows по компонентам ... одно из основных правил - Каждый компонент должен храниться в одной папке .

Правила для компонентов очень легко нарушить, лучшее решение - придерживаться одного файла для каждого компонента, если есть вероятность, что любой из файлов изменится в более поздней версии.

Помещение нескольких файлов в компонент может вызвать головную боль, по возможности избегайте этого, если у вас нет веской причины - а облегчение поддержки источников WiX не является уважительной причиной :)