Я использовал мутаген для редактирования тегов в медиа-файлах прежде. Хорошая вещь о мутагене состоит в том, что он может обработать другие форматы, такие как mp4, FLAC и т.д. Я записал несколько сценариев с большим успехом с помощью этого API.
Я нашел ответ, работая через него самостоятельно, приняв коллекцию форм в моем действии контроллера, я могу получить доступ к параметру categoryID из сценария uploadify.
EDIT для некоторого кода:
[AcceptVerbs(HttpVerbs.Post)]
public string FileSave(long id, HttpPostedFileBase FileData, FormCollection forms)
{
long catID = Int64.Parse(forms.Get("CategoryID"));
//do something with files
return "Upload Successful";
}