Начните использовать SVN для своей фактической работы, но попытайтесь уделить время вожению с Мерзавцем и/или Подвижный. SVN довольно стабилен для производства, но в конечном счете Вы столкнетесь со сценарием, где Вы будете потребность распределенный SCM, которым временем Вы будете правильно вооружены, и новые системы будут достаточно зрелы.
Я думаю, что использование StreamSource без указания базового местоположения является источником вашей проблемы.
Синтаксический анализатор не может узнать, где находится основная схема, поэтому он может Не удается разрешить common / MessageBase.xml.
Используйте конструктор с двумя аргументами и передайте SystemID, который представляет собой путь, с которого вы начинаете.
См. javadoc для StreamSource.