Разделение ориентированного графа

Я не вижу проблемы с Вашим кодом.

только из моей головы, что, при попытке сделать это вручную? это работает?

BinaryReader reader = new BinaryReader(stream);
StructType o = new StructType();
o.FileDate = Encoding.ASCII.GetString(reader.ReadBytes(8));
o.FileTime = Encoding.ASCII.GetString(reader.ReadBytes(8));
...
...
...

также попытка

StructType o = new StructType();
byte[] buffer = new byte[Marshal.SizeOf(typeof(StructType))];
GCHandle handle = GCHandle.Alloc(buffer, GCHandleType.Pinned);
Marshal.StructureToPtr(o, handle.AddrOfPinnedObject(), false);
handle.Free();

тогда использование буфер [] в Вашем BinaryReader вместо того, чтобы считать данные с FileStream, чтобы видеть, получаете ли Вы все еще исключение AccessViolation.

у меня не было удачи с помощью BinaryFormatter, я предполагаю, что у меня должна быть полная структура, которая соответствует содержанию файла точно.

, Который имеет смысл, BinaryFormatter имеет свой собственный формат данных, абсолютно несовместимый с Вашим.