Можно добавить обработчик событий к AppDomain. Событие UnhandledException, и это назовут, когда исключение будет выдано и не поймано.
Оказалось, что добавление Eclipse-BuddyPolicy: зависимо в файлы MANIFEST.MF, реэкспорт некоторых зависимостей и превращение одного фрагмента в подключаемый модуль (поэтому BuddyPolicy должен отслеживать зависимость от подключаемого модуля) было правильным решением.
Проблема решена: -)
Насколько я могу судить, настоящая проблема заключается в том, что существуют зависимости в обоих направлениях. Разве вы не можете провести рефакторинг своих проектов, чтобы от основных проектов зависели только проекты, относящиеся к Eclipse, а не наоборот?