Есть ли какие-либо существующие решения для создания универсальной базы данных последовательности DNA с фронтэндом веб-сайта?

Возможно, это будет излишним, но .... ncbi имеет много доступного программного обеспечения. Ссылка .

В частности, это .

Это не тот язык, о котором вы говорите, но есть BioPERL, который представляет собой набор функций, специально созданных для ДНК, РНК и другого «программирования» кислот и белковых оснований

Ищите на CPAN.org

Я настоятельно рекомендую связаться с сообществом биоинформатиков. Самое важное - спроектировать базу данных и определить ее назначение. Вы упоминаете ДНК в названии, а рРНК в тексте - это совершенно разные вещи. Если это всего лишь опечатка, хорошо, но если вы не понимаете разницы, поговорите с людьми в сообществе.

Поскольку я участвую в сообществе, вы можете связаться с сообществом MyExperiment ( http: //en.wikipedia.org/wiki/MyExperiment) и упомяните мое имя, если вам нужно. Вы найдете много дружелюбных людей и помощь.

ОБНОВЛЕНИЕ Я только что заметил, что вы из Манчестера, и это центр MyExperiment, так что это действительно очевидное место для начала!

Не имея представления о том, в каком формате будет храниться информация или как отображаются последовательности ДНК (это просто длинная строка?), Вы можете обойтись простым вставлением каждого Последовательность ДНК в базу данных MySQL, а затем выполнение простого запроса вроде:

SELECT * FROM `dna_table` WHERE `sequence` = $sequence;

Убедитесь, что вы используете escape-строку или параметризованный запрос (чтобы предотвратить SQL-инъекцию), но в остальном это звучит как ДЕЙСТВИТЕЛЬНО простая программа БД, которая не должна Не более 100 строк кода.

Я согласен: вы должны отправить свой вопрос по адресу bbb@bioinformatics.orgили список рассылки bioperl.

Вопрос «простое создание общей базы данных последовательностей с помощью формы поиска на веб-сайте» кажется слишком общим. База данных последовательностей представляет собой список (id, sequence) и сама по себе не требует поддержки каких-либо инструментов. По крайней мере, я не вижу причин, по которым вам может понадобиться инструмент для этого.

Я думаю, ваш вопрос: есть ли клиент BLAST в виде веб-формы, который можно установить локально? Вот некоторые из них: PLAN, возможно, стоит попробовать, хотя я никогда не запускал его. BioPerl имеет объекты для автономного выполнения BLAST ( http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.0/Bio/Tools/Run/StandAloneBlast.html ) и может отображать результаты графически. В Debian / Ubuntu Med есть ncbi-tools-bin и ncbi-rrna-data, которые устанавливают необходимые инструменты и базы данных за пару секунд.

Вместо того, чтобы размышлять о поддержке инструментов, я бы предпочел собрать 10-строчный CGI-скрипт, который выполняет взрывную обработку с входной последовательностью в файлы Fasta, которые у вас есть, а затем смотрю, не устраивает ли это пользователей.

Обеспокоен языком программирования: если хотите, вы можете сделать это с помощью сценария оболочки (*). Это может занять у вас меньше времени, чем публикация в stackoverflow ... ;-)

(*) Примечание для коллег-параноиков по информатике: это будет внутреннее приложение для биологов, которые не знают разницы между операционным перегрузка системы и оператора, поэтому внедрение sql очень маловероятно ...

Я думаю, что это пример, когда преждевременная оптимизация является достаточно злом, в том смысле, что вы можете потерять массу времени, создав систему, слишком сложную для простого задача.

Galaxy: Galaxy - это не база данных, это веб-сайт с инструментами для работы (в основном ДНК) последовательности из различных геномов. Galaxy тесно связан с последовательностями, инструментами и форматами файлов генома UCSC браузера. Так что, если вы хотите создать базу данных совершенно новых последовательностей, галактика не для вас. Он также не включает серверы BLAST. Если вы хотите создать базу данных последовательностей, CHADO как часть GMOD подходит близко, но я бы предпочел начать использовать текстовый файл, см. Мой пост выше.

sa с инструментами для работы с последовательностями (в основном ДНК) из различных геномов. Galaxy тесно связан с последовательностями, инструментами и форматами файлов генома UCSC браузера. Так что, если вы хотите создать базу данных совершенно новых последовательностей, галактика не для вас. Он также не включает серверы BLAST. Если вы хотите создать базу данных последовательностей, CHADO как часть GMOD подходит близко, но я бы предпочел начать использовать текстовый файл для начала, см. Мой пост выше.

sa с инструментами для работы с последовательностями (в основном ДНК) из различных геномов. Galaxy тесно связан с последовательностями, инструментами и форматами файлов генома UCSC браузера. Так что, если вы хотите создать базу данных совершенно новых последовательностей, галактика не для вас. Он также не включает серверы BLAST. Если вы хотите создать базу данных последовательностей, CHADO как часть GMOD подходит близко, но я бы предпочел начать использовать текстовый файл для начала, см. Мой пост выше.

Относительно GMOD: я почти уверен, что GMOD - это полный избыток для вашего приложения. GMOD - это не сервер, это набор инструментов, одним из которых является схема базы данных (CHADO), и Chado на самом деле не для тех, у кого в основном есть последовательности и идентификаторы. BioMart - это тоже не сервер, это инструмент, который позволяет денормализовать модельные базы данных, чтобы иметь возможность запускать полногеномные запросы достаточно быстро. Один из клиентов BioMart (MartView) имеет веб-интерфейс. Вы определенно не хотите использовать Biomart в данный момент, но я могу подробно объяснить это по электронной почте. У меня сложилось впечатление, что для начала вам скорее понадобится веб-клиент BLAST.

Существует простой интерфейс CGI, также распространяемый с пакетом NCBI BLAST. Вы можете скачать его с их FTP-сайта, который находится здесь:

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/

Может быть, вы можете посмотреть Plone4Bio .

Plone - это расширенный механизм управления контентом, написанный на python, с множеством функций и простых в использовании приложений, поэтому вы можете создать свой веб-сайт, используя набор модулей, таких как форумы, продукты для новостей и т. Д. (I знаю, что вы это уже знаете, но это просто для того, чтобы дать немного предыстории).

Plone4Bio нацелен на предоставление некоторых приложений Plone для биоинформатики ... Я не знаю, насколько продвинутый проект, и я еще не использовал его, но похоже, что, по крайней мере, у вас есть объект последовательности и некоторые приложения для его визуализации и, возможно, некоторые приложения для их поиска. (ps они используют его в uniprot - посмотрите раздел «Сторонние данные» для любого мембранного белка)

Я не знаю других приложений CMS, направленных на биоинформатику, но, возможно, вы также легко сможете реализовать что-то с django без слишком много усилий.