Самоописание формата файла для изображений gigapixel?
В медицинской обработке изображений, кажется, существует два способа сохранить огромные изображения gigapixel:
Используйте много изображений JPEG (или упакованный в файлы или индивидуально) и приготовьте некоторый причудливый индексный формат для описания то, что идет где. Гвоздь на некоторых метаданных в некотором другом формате.
Используйте мозаику TIFF и мультиотобразите поддержку, чтобы чисто сохранить изображения как единственный файл и обеспечить субдискретизируемые версии для изменения масштаба скорости. Затем злоупотребите различными тегами TIFF для хранения метаданных нестандартными способами. Кроме того, мозаики хранилища с перекрывающимися границами, которые должны быть индивидуально переведены позже.
В обоих случаях читатель должен понять формат достаточно хорошо, чтобы понять, как потянуть вещи и считать метаданные.
Существует ли лучший способ сохранить эти изображения? Является TIFF (или BigTIFF) все еще правильным форматом для этого? XMP решает проблему метаданных?
Основные вопросы:
- Хранение изображений способом, который позволяет, чтобы быстрый произвольный доступ (разместил рядом)
- Хранение субдискретизируемых изображений для быстрого изменения масштаба (пирамида)
- Обработка случаев, где мозаики накладываются или редкие (сканеры часто работают путем перемещения камеры через слайд в 2D и получения только там, где существует что-то для обработки изображений),
- Хранение важных метаданных, включая связанные изображения как маркировка и миниатюра слайда
- Поддержка устройства хранения данных с потерями
Какой (надо надеяться, несобственнический) форматы люди используют для хранения больших воздушных фотографий или карт? Эти изображения имеют подобные свойства.
4 ответа
Похоже, что начать с TIFF или BigTIFF и определить полезное подмножество тегов + метаданные XMP - это может быть правильным решением. FITS не годится, так как в основном он предназначен для данных без потерь и не имеет очень подходящего механизма работы с метаданными.
Проблема с TIFF заключается в том, что он просто допускает слишком много гибкости, но подмножество TIFF должно быть приемлемым.
Решением может быть http://ome-xml.org/ и http://ome-xml.org/wiki/OmeTiff.
Похоже, что у DICOM теперь есть поддержка: ftp://medical.nema.org/MEDICAL/Dicom/Final/sup145_ft.pdf
Я патолог (и программист-любитель), поэтому виртуальные слайды и цифровая патология меня очень интересуют. Возможно, вас заинтересует проект OpenSlide . Они охарактеризовали ряд проприетарных форматов от крупных поставщиков (Aperio, BioImagene и т. Д.). Похоже, что большинство из них состоит из пирамидальных увеличенных (разумеется, сканированных под разными микроскопическими объективами) больших файлов TIFF, содержащих несколько мозаичных файлов TIFF или сжатых (JPEG или JPEG2000) изображений.
Вы, вероятно, захотите FITS .
- Произвольный размер
- 1–3-мерные данные
- Расширенный заголовок
- Широко используется в астрономии и одобрен НАСА и МАС
PNG может вам подойти. Он может обрабатывать большие изображения, метаданные, а формат PNG может иметь некоторую чересстрочную развертку , так что вы можете легко получить (вплоть до?) Субдискретизированное изображение n / 8 xn / 8.
I Не уверен, что PNG может делать быстрый произвольный доступ. Он разбит на части, но этого может быть недостаточно.
Вы можете представить разреженные данные с помощью канала прозрачности.
так что вы можете довольно легко получить (до?) субдискретизированное изображение n / 8 xn / 8.Я не уверен, что PNG может выполнять быстрый произвольный доступ. Он разбит на части, но этого может быть недостаточно.
Вы можете представить разреженные данные с помощью канала прозрачности.
так что вы можете довольно легко получить (до?) субдискретизированное изображение n / 8 xn / 8.Я не уверен, что PNG может выполнять быстрый произвольный доступ. Он разбит на части, но этого может быть недостаточно.
Вы можете представить разреженные данные с помощью канала прозрачности.