При установке rJava использования install.packages("rJava")
команда я получаю следующую ошибку:
checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver : '/usr/bin/jar'
compiler : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
У меня есть Java установленный JDK и java -version
возвращает следующее:
$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)
При поиске с помощью Google вокруг для ошибки я вижу, что другие имеют ту же проблему, но не находят решение кроме "установки целым JDK, не просто JRE", который я сделал.
Другая вещь, которую я считал, состояла в том, чтобы работать sudo R CMD javareconf
который работает вполне счастливо без ошибок.
Какие-либо идеи, какова моя проблема?
[[РЕДАКТИРОВАНИЕ]] Это были несколько месяцев, с тех пор как у меня была эта проблема. Я первоначально решил это путем редактирования моих путей Java, как проиллюстрировано в ответе, который я отправил ниже. Я недавно столкнулся с той же проблемой о новой установке Ubuntu. Я попробовал рекомендацию Dirk использовать склонный - добираются для установки rJava пакета. Это работало отлично. Что мне не удалось ценить, первоначально то, что установка пакетов с помощью склонной Ubuntu - добирается, метод существенно отличается, чем просто загрузка того же пакета с помощью install.packages () в R. Пакеты Ubuntu решают некоторые проблемы, которые я не понял или ценил.
Оказывается, моя проблема связана с моей переменной среды JAVA_HOME
. Да, шокирует я знаю. Мои первоначальные настройки для PATH
и JAVA_HOME
выглядели так:
export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
И я добавил / jre
, поэтому теперь он выглядит так:
export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
Все на Java казалось, что без / jre
нормально работает, но rJava - нет. Странный.
Разве
apt-get install r-cran-rjava
не было бы проще? Мог бы спросить у меня на useR! :)