Сбой установки пакета R: rJava

При установке rJava использования install.packages("rJava") команда я получаю следующую ошибку:

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’

У меня есть Java установленный JDK и java -version возвращает следующее:

$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)

При поиске с помощью Google вокруг для ошибки я вижу, что другие имеют ту же проблему, но не находят решение кроме "установки целым JDK, не просто JRE", который я сделал.

Другая вещь, которую я считал, состояла в том, чтобы работать sudo R CMD javareconf который работает вполне счастливо без ошибок.

Какие-либо идеи, какова моя проблема?

[[РЕДАКТИРОВАНИЕ]] Это были несколько месяцев, с тех пор как у меня была эта проблема. Я первоначально решил это путем редактирования моих путей Java, как проиллюстрировано в ответе, который я отправил ниже. Я недавно столкнулся с той же проблемой о новой установке Ubuntu. Я попробовал рекомендацию Dirk использовать склонный - добираются для установки rJava пакета. Это работало отлично. Что мне не удалось ценить, первоначально то, что установка пакетов с помощью склонной Ubuntu - добирается, метод существенно отличается, чем просто загрузка того же пакета с помощью install.packages () в R. Пакеты Ubuntu решают некоторые проблемы, которые я не понял или ценил.

108
задан JD Long 26 October 2010 в 19:56
поделиться

2 ответа

Оказывается, моя проблема связана с моей переменной среды JAVA_HOME . Да, шокирует я знаю. Мои первоначальные настройки для PATH и JAVA_HOME выглядели так:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

И я добавил / jre , поэтому теперь он выглядит так:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

Все на Java казалось, что без / jre нормально работает, но rJava - нет. Странный.

75
ответ дан 24 November 2019 в 03:29
поделиться

Разве

apt-get install r-cran-rjava

не было бы проще? Мог бы спросить у меня на useR! :)

108
ответ дан 24 November 2019 в 03:29
поделиться
Другие вопросы по тегам:

Похожие вопросы: