Как получить индекс токовой петли при использовании Итератора?

Используйте int и увеличивайте его в своем цикле.

Какой тип коллекции? Если это реализация интерфейса List, то вы можете просто использовать it.nextIndex() - 1.

Используйте ListIterator для итерации по коллекции. Если коллекция не является списком для начала, используйте Arrays.asList(Collection.toArray()), чтобы сначала превратить ее в список.