Генерировать X509Certificate от байта []?

Конечно.

Объекты сертификата могут быть созданы экземпляром CertificateFactory - в частности, экземпляром, настроенным для создания сертификатов X509. Это можно создать так:

CertificateFactory certFactory = CertificateFactory.getInstance("X.509");

Затем вам нужно передать ему InputStream, содержащий байты сертификата. Этого можно достичь, заключив массив байтов в ByteArrayInputStream :

InputStream in = new ByteArrayInputStream(bytes);
X509Certificate cert = (X509Certificate)certFactory.generateCertificate(in);