Действительно ли возможно создать корневое приложение MVC (Портал с masterpages и темами) и добавить несколько основанных на WebForms подпроектов (у нас уже есть существующее приложение WebForms, которое мы хотели бы интегрировать в Портал)?
Как Вы централизовали бы навигацию (карты сайта, маршрутизация URL)?
Как Вы совместно использовали бы masterpages?
Как Вы обратились бы к ресурсам (~ проблемы и т.д.)?
Комбинирование веб-форм с MVC вполне возможно. См. это сообщение в блоге Скотта Хансельмана для введения.
Отличный ответ выше. Еще вы могли бы подумать о переходе с ASP.NET на ASP.NET MVC, и в этом случае этот пост может помочь вам перенести файлы проекта.