Как мне показать исходный код функции S4 в пакете?

Я использовал пакеты topGO в R для анализа обогащения генов с помощью следующего кода:

sampleGOdata <- new("topGOdata", description = "Simple session", ontology = "BP",
                    allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, nodeSize = 10, 
                    annot = annFUN.db, affyLib = affyLib)
resultFisher <- runTest(sampleGOdata, algorithm = "classic", statistic = "fisher")
allRes <- GenTable(sampleGOdata, classicFisher = resultFisher, orderBy = "fisher", 
                   ranksOf = "classicFisher",topNodes = 10)

Я хочу увидеть и измените функцию RunTest и функцию GenTable , чтобы изменить ResultTable , но я не знаю, как показать функцию. С помощью getAnywhere ("GenTable") я не получаю тот жесткий код, который мне нужен.

getAnywhere("GenTable")

Был обнаружен единственный объект, соответствующий 'GenTable'

Он был найден в следующих местах

 package : topGO

пространство имен: topGO

со значением

 функция (объект, ...)
standardGeneric ("GenTable")
<среда: 0x16a30c10>
attr (, "общий")
[1] "GenTable"
attr (, "общий") attr (, "пакет")
[1] "topGO"
attr (, "пакет")
[1] "topGO"
attr (, "группа")
список()
attr (, "valueClass")
персонаж (0)
attr (, "подпись")
[1] "объект"
attr (, "по умолчанию")
`NULL`
attr (, "скелет")
функция (объект, ...)
stop ("недопустимый вызов метода в \" GenTable \ "(нет метода по умолчанию)»,
домен = NA) (объект, ...)
attr (, "класс")
[1] "standardGeneric"
attr (, "класс") attr (, "пакет")
[1] "методы"

Как я могу это сделать?

36
задан MichaelChirico 16 August 2016 в 14:33
поделиться