Я использовал пакеты topGO в R для анализа обогащения генов с помощью следующего кода:
sampleGOdata <- new("topGOdata", description = "Simple session", ontology = "BP",
allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, nodeSize = 10,
annot = annFUN.db, affyLib = affyLib)
resultFisher <- runTest(sampleGOdata, algorithm = "classic", statistic = "fisher")
allRes <- GenTable(sampleGOdata, classicFisher = resultFisher, orderBy = "fisher",
ranksOf = "classicFisher",topNodes = 10)
Я хочу увидеть и измените функцию RunTest
и функцию GenTable
, чтобы изменить ResultTable
, но я не знаю, как показать функцию. С помощью getAnywhere ("GenTable")
я не получаю тот жесткий код, который мне нужен.
getAnywhere("GenTable")
Был обнаружен единственный объект, соответствующий 'GenTable'
Он был найден в следующих местах
package : topGO пространство имен: topGO
со значением
функция (объект, ...) standardGeneric ("GenTable") <среда: 0x16a30c10> attr (, "общий") [1] "GenTable" attr (, "общий") attr (, "пакет") [1] "topGO" attr (, "пакет") [1] "topGO" attr (, "группа") список() attr (, "valueClass") персонаж (0) attr (, "подпись") [1] "объект" attr (, "по умолчанию") `NULL` attr (, "скелет") функция (объект, ...) stop ("недопустимый вызов метода в \" GenTable \ "(нет метода по умолчанию)», домен = NA) (объект, ...) attr (, "класс") [1] "standardGeneric" attr (, "класс") attr (, "пакет") [1] "методы"
Как я могу это сделать?