Как сохранить объект с внешним ключом, если я просто знаю идентификатор внешнего ключа, а не полный объект? [Дубликат]

Да, вы можете это сделать.

Сохраняет ли он только ссылку, а также обновляет компанию с именем = null?

По умолчанию cascade, вот так, Hibernate ничего не сделает. Таким образом, ответ таков: он сохраняет только внешний ключ.

Самый действительный (для JPA) подход использует session.load(Company.class, 1). Он возвращает прокси без запроса в базу данных. Но, конечно, для этого вам нужно иметь сеанс.