В “контроле мерзавца — файлы”, что делает “-” средний?

- отделяет пути от других вариантов. Из документации :

git checkout [-f|--ours|--theirs|-m|--conflict=<style>] [<tree-ish>] [--] <paths>... 

Если бы такое обозначение не существовало, следующие две команды были бы неоднозначными:

git checkout <tree-ish> <path1> <path2>
git checkout <path1> <path2> <path3>

С обозначением - ясно, что имеется в виду:

git checkout <tree-ish> -- <path1> <path2>
git checkout -- <path1> <path2> <path3>

Документация, на которую я ссылался выше, включает пример того, когда он может вам понадобиться:

$ git checkout hello.c

Если у вас есть неудачная ветка с именем hello.c, эта step можно было бы спутать с инструкцией по переключению на эту ветвь. Вместо этого вы должны написать:

$ git checkout - hello.c