Текстовый файл для списка в R

У меня есть большой текстовый файл с переменным количеством полей в каждой строке. Первая запись в каждой строке соответствует биологическому пути, а каждая последующая запись соответствует гену в этом пути. Первые несколько строк могут выглядеть так

path1   gene1 gene2
path2   gene3 gene4 gene5 gene6
path3   gene7 gene8 gene9

Мне нужно прочитать этот файл в R как список, где каждый элемент является вектором символов, а имя каждого элемента в списке является первым элементом в строке, например :

> pathways <- list(
+     path1=c("gene1","gene2"), 
+     path2=c("gene3","gene4","gene5","gene6"),
+     path3=c("gene7","gene8","gene9")
+ )
> 
> str(pathways)
List of 3
 $ path1: chr [1:2] "gene1" "gene2"
 $ path2: chr [1:4] "gene3" "gene4" "gene5" "gene6"
 $ path3: chr [1:3] "gene7" "gene8" "gene9"
> 
> str(pathways$path1)
 chr [1:2] "gene1" "gene2"
> 
> print(pathways)
$path1
[1] "gene1" "gene2"

$path2
[1] "gene3" "gene4" "gene5" "gene6"

$path3
[1] "gene7" "gene8" "gene9"

... но мне нужно делать это автоматически для тысяч строк. Я видел аналогичный вопрос, размещенный здесь ранее , но я не мог понять, как это сделать из этой ветки.

Заранее спасибо.

29
задан Community 23 May 2017 в 12:09
поделиться