В исходном формате JPEG не предусмотрен альфа-канал. Однако вы можете создать файл PNG. Он будет работать в IE7 + и других «современных» браузерах.
Формат «JPEG 2000» действительно поддерживает прозрачность, но, несмотря на название, это действительно совершенно новый формат кодирования изображений. Поддерживается только Safari.
JPEG не поддерживает прозрачность. Вам нужно использовать PNG или GIF. Почему вы хотите использовать JPEG для прозрачности?
Пожалуйста, не обращайте внимания на этот ответ, он был написан, когда поддержка Canvas была невелика. Вместо этого обратитесь к ответу Мартина.
Вы не можете иметь какой-либо вид прозрачности с JPEG изображением: JPEG не поддерживает это.
Вы можете перейти на PNG изображения, чтобы получить либо 1 бит, либо 8 бит прозрачности (или GIF, который поддерживает только 1 бит - т.е. прозрачный или непрозрачный).
Вы также можете перейти на WebP который имеет схожую механику с JPEG. Он поддерживает сжатие с потерями/без потерь, прозрачность и анимацию.