Google Maps API v3 - Как очистить оверлейные программы?

См. здесь для получения подробной информации о различных вариантах, доступных вам, но теперь вам нужно перебирать маркеры и удалять их по отдельности. Ваш код должен выглядеть примерно так:

var markers = [];

function clearOverlays() {
 while(markers.length) { markers.pop().setMap(null); }
  markers.length = 0;
}

markers.push(marker);
google.maps.event.addListener(marker,"click",function(){});