Чтобы заменить зарплату:
data[1][2] = 1500
Чтобы распечатать данные:
print(data[1])
Этот может быть хорошим постом для вашего рассмотрения.
Открытие файла в режиме w
перезапишет файл, а это означает, что, если вы потом ничего не записываете в файл, он фактически очистит содержимое файла - в вашем случае без дополнительного текста, оставив содержимое файла пустым.