Я думаю, вы должны установить разные FLAGS. Вы сообщаете MediaProjection, чтобы показывать ТОЛЬКО СОБСТВЕННЫЙ СОДЕРЖАНИЕ, но вы ничего не рисуете на его поверхности. Чтобы сделать снимок экрана, вы должны ЗАПИСАТЬ РАЗЛИЧНЫЙ ДИСПЛЕЙ, используя флаг «DisplayManager.VIRTUAL_DISPLAY_FLAG_AUTO_MIRROR».