Вам нужно проверить тип реального файла и заданный тип файла следующим образом:
$config['upload_path'] = './uploads/';
$config['allowed_types'] = 'gif|jpg|png|pdf';
$this->load->library('upload', $config);
$file = $_FILES['userfile'];
// given file type
$gftype=pathinfo($file['name'], PATHINFO_EXTENSION);;
// real file type
$rftype = explode('/',mime_content_type($file['tmp_name']))[1];
if($gftype === $rftype){
if (! $this->upload->do_upload('userfile')){
echo "Error";
}else{
echo "Success";
}
}else{
echo 'This is not real extension';
}