Понял это сам, может быть полезно для тех, у кого схожие проблемы. Я избавился от привязок, так как это не сработало и просто вставило.
cnxn = pyodbc.connect('DRIVER={SQL Server};SERVER=dd\ss;DATABASE=ss;UID=sa;PWD=ss')
cursor = cnxn.cursor()
cnxn.setdecoding(pyodbc.SQL_CHAR, encoding='utf-8')
cnxn.setdecoding(pyodbc.SQL_WCHAR, encoding='utf-8')
cnxn.setencoding(encoding='utf-8')
cursor.execute("select`........
Это исправило мою проблему.
Это должен быть двоичный файл WKB, библиотека Shapely может его декодировать, см. https://shapely.readthedocs.io/en/latest/manual.html?highlight=wkb#shapely.wkb.loads [ 111]