Как защитить все вновь созданные графики в Apache Fuseki с помощью SecurityEvaluator?

Вероятно, проблема в update-ca-certificates. Команда обрабатывает только файлы с расширением .crt. Из его страницы man:

У сертификатов должно быть расширение .crt, чтобы быть включенным сертификатами update-ca.

. Просто добавьте это расширение при копировании сертификата в файл Docker:

COPY Certificates/myCertificate.cer /usr/local/share/ca-certificates/myCertificate.crt