Выберите столбцы для heatmap в R
Я нуждаюсь в Вашей помощи снова :)
Я записал сценарий R, который генерирует heatmap из данной вкладки-seperated txt или xls файла. В данный момент я удаляю все столбцы, которые я не хочу иметь в heatmap вручную в xls файле. Теперь я хочу автоматизировать его, но я не знаю как :(
Интересные столбцы все запускают то же во всех xls файлах, сопровождаемых отдельным именем:
xls-файл 1: L1_tpm_xxxx L2_tpm_xxxx L3_tpm_xxxx
xls-файл 2: L1_tpm_xxxx L2_tpm_xxxx L3_tpm_xxxx L4_tpm_xxxx L5_tpm_xxxx
Какие-либо идеи, как выбрать те столбцы?
Благодаря Вас в ожидании, Philipp
2 ответа
Вы можете использовать (если вы прочитали свои данные в data.frame df ):
df <- df[,grep("^L[[:digit:]]+_tpm.*",colnames(df))]
или можете явно записать нужные столбцы:
df <- df[,c("L1_tpm_xxxx","L2_tpm_xxxx","L3_tpm_xxxx")]
и т.д. ...
Следующая ссылка весьма полезна; -)
Если вы думаете, что положение столбцов будет фиксированным на всех листах Excel, самое простое решение - просто использовать индексы столбцов. Например, если вы используете read.table для импорта текстового файла с разделителями табуляции как data.frame, а затем решите, что предпочитаете оставить только первые два столбца, вы можете сделать что-то вроде этого:
data <- read.table("path_to_file.txt", header=T, sep="\t")
data <- data[,1:2]