Избегайте использования для циклов

Question

Избегайте использования для циклов

Я работаю с R и у меня есть код как это:

for (i in 1:10)
   for (j in 1:100)
        if (data[i] == paths[j,1])
            cluster[i,4] <- paths[j,2]

где:

data вектор с 100 строками и 1 столбец
paths матрица с 100 строками и 5 столбцов
cluster матрица с 100 строками и 5 столбцов

Мой вопрос: как я мог избежать использования того, "чтобы" циклы выполнили итерации через матрицу? Я не знаю ли apply функции (lapply, tapply...) полезны в этом случае.

Это - проблема когда j=10000 например, потому что время выполнения очень длинно.

Спасибо

1

optimization r loops

задан patL 9 February 2018 в 14:28

2 ответа

Другие вопросы по тегам:

optimization r loops

Похожие вопросы:

score 1 · Answer 1

Внутренний цикл может быть векторизован

cluster[i,4] <- paths[max(which(data[i]==paths[,1])),2]

, но проверьте комментарий Мусы. Я думаю, что вы сделали отступ от чего-то еще.

Второй (внешний) цикл тоже можно векторизовать, реплицируя векторы, но

если i только 100, то скорость не будет большой
потребуется больше оперативной памяти

[edit] Как я понял ваш комментарий, вы можете просто использовать логическое индексирование?

indx <- data==paths[, 1]
cluster[indx, 4] <- paths[indx, 2]

score 1 · Answer 2

Я думаю, что оба цикла можно векторизовать, используя следующее:

cluster[na.omit(match(paths[1:100,1],data[1:10])),4] = paths[!is.na(match(paths[1:100,1],data[1:10])),2]