R: склонный - получают установку r-cran-foo по сравнению с install.packages (“нечто”)
При установке R пакетов (говорят mcmcpack в этом примере) под Ubuntu у меня есть выбор между следующими двумя методами установки:
# Let the distribution's packaging system take care of installation/upgrades
apt-get install r-cran-mcmcpack
# Let R take care of installation/upgrades
install.packages("mcmcpack")
Вопросы:
- Какой-либо из двух способов установить пакеты R, которые рассматривают "лучшей практикой"?
- Предположите что я сначала
install.packages("mcmcpack")и позжеapt-get install r-cran-mcmcpack- я должен ожидать проблему? - Предположите что я сначала
apt-get install r-cran-mcmcpackи позжеinstall.packages("mcmcpack")- я должен ожидать проблему?
2 ответа
Это не так просто, как кажется.
APT-Get UpdateХорошо, если и когдасуществуют пакеты - но есть только около 150 или около того
R-Cran - *пакеты из пула 2100+ пакетов На кране, так что довольно редкое покрытиепакеты поддерживаются, безрезультатно и ток
Вы достаточно счастливы с двугородными релизами Ubuntu
Установить. Установить. Установите. ОБЗОРЫ (), а затемобновление . ()хорош, если и когдавы знаете, что нужно, чтобы иметь встроенные зависимости (кроме
R-base-dev), вы не возражаете
update.packages ()вручную, а такжеобновления APT.
На моем машине Ubuntu на работе я иду со вторым решением. Но потому что первый лучше Если у вас достаточно покрытия , мы построили CRAN2DEB , который обеспечивает 2050+ двоичных пакетов DEB для AMD64 и I386 - но только для тестирования Debian. Это то, что я использую дома.
Что касается последнего вопроса о том, следует ли вы ожидать неприятности: Нет, потому что r_libs_site устанавливается в / etc / r / renvironment , чтобы быть
# edd Apr 2003 Allow local install in /usr/local, also add a directory for
# Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir
# edd Jul 2007 Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS
R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:\
/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}
, что означает, что Ваш пакеты входят в / usr / local / lib / r / site-library , тогда как те, которые управляются APT входят в / usr / lib / r / Библиотека сайта и (в случае базовых пакетов) / usr / lib / r / library .
Надеюсь, что проясняет вопросы. Список рассылки R-SIG-Debian - это более информированное место для таких вопросов.
Я бы рассмотрел с использованием
APT-Get-Getлучшая практика, поскольку вы получите автоматические обновления через стандартные системные инструменты.Наличие 2 версий Установлена, может привести вас к запутанным ситуациям: в зависимости от установки R, вы можете загрузить другую версию пакета, а затем вы ожидаете - ваш личный (возможно, устаревший) следует вообще загружать первым.
См. Выше.