Как я переименовываю столбец первичного ключа в MySQL?

это не отличается от изменения любого другого столбца -

ALTER TABLE `pkey` CHANGE `keyfield` `keyfield2` INT( 11 ) NOT NULL AUTO_INCREMENT 

это изменяет ключевое поле столбца в таблице pkey ] называться keyfield2 - вы должны предоставить определение позже, как обычно.