IndexError: список индексов вне диапазона для многоуровневого столбца данных

Или используя data.table

library(data.table)
setDT(df)[, .(year = year[1]:year[.N]), .(id, group)]
#   id group year
#1:  a     x 2000
#2:  a     x 2001
#3:  a     x 2002
#4:  a     x 2003
#5:  b     y 2003
#6:  b     z 2005