Могут быть разные версии одного и того же пакета. если зависимость «A» требует зависимости «B» с версией, указанной как «^ 1.0.0», а другая зависимость «C» нуждается в зависимости «B», но с версией, указанной как «^ 2.0.0»
Пакет менеджеры могут использовать менее узкую версию внутри node_modules другого пакета. Это по дизайну.