каждый раз, когда я делаю git, перебрасываю свой набор патчей на новую версию оригинала, должен ли я вручную разрешать конфликты снова и снова?
В зависимости от вашего репозитория вы можете использовать stash
git stash pop
git stash
http://gitready.com/beginner/2009/01/10/stashing-your-changes.html