Я предложил использовать построить свои собственные библиотеки повышения графов. Хорошая информация находится на домашней странице Дональда Кнута. Есть некоторые программы, которые я не использовал очень сильно. Графика - один из них. Я не думаю, что это будет соответствовать вашему требованию. Если вы являетесь исследовательским парнем, то я лично рекомендую не склонен к визуализации графов.
У меня есть несколько указателей на методы визуализации графов:
Prefuse - оригинальная версия на Java, а новая - flash.
Networkx с matplotlib - все в питоне
Ubigraph - для анимированной 3D-визуализации
Я нашел его полезным для всех видов 2D работы...
http://www.yworks.com/en/products_yed_about.html
Он основан на java, так что вы сможете запустить его в любом месте, где есть подходящая jvm.
С сайта ... ...
Graphanalyzer - это среда для визуализации графиков. Graphanalyzer предоставляет возможности создания, обработки графиков и отображения результатов визуализации. Программа поддерживает ориентированные и неориентированные графы, взвешенные и невзвешенные графы. Программа включает множество алгоритмов обработки графов, от поиска пути до плоской проверки.Эта программа - незаменимый помощник при решении задач , возникающих в теории графов. Визуализация графика и алгоритма.
...