найти все точки вокруг точки в кубе

все, что вам нужно сделать, это проверить все условия удаленности для каждой точки относительно вашего прямоугольника - во всех измерениях x, y, z.

Допустим, у вас есть центр прямоугольника с координатами cx, cy, cz

, и вы знаете, что расстояние со стороны X равно dX, со стороны Y - dY, а со стороны Z - dZ.

координаты вашего так называемого центра cx, cy, cz

вы можете сделать цикл

for point in all_points:
    px,py,pz = point # coordinates of a point which you try to examine

    if abs(cx-point[x]) < dX:
        if abs(cy-point[y]) < dY:
            if abs(cz-point[z]) < dZ:
                print('point is inside so called cube')


#abs(cx-point[x]) equals distance between your center and examined point in x-axis dimension...
#dX is distance between cube side and cx (center of cube in x-axis)

ПРИМЕЧАНИЕ:

Этот пример хорошо для куба с центром в середине. Поскольку ваш центр на самом деле не находится посередине, я советую вам найти центр и выполнить приведенный выше пример

Если вы не можете рассчитать центр вашего куба, вы все равно не можете решить эту проблему, так что вам лучше найти центр.