Как установить Qualifier на реализацию, которая имеет интерфейс, расширяющий другой интерфейс

Поместите аннотацию @Qualifier в службу, и она должна работать.

@Service
@Qualifier("lBModifiedEsDao") 
public class LBModifiedEsDao
implements CommonModifiedEsDao { ... }

А также для второго обслуживания

@Service
@Qualifier("lBDao")
public class LBDao implements CommonEsDao { 

  private CommonModifiedEsDao myDao;

  @Autowired
  public LBDao(@Qualifier("lBModifiedEsDao") CommonModifiedEsDao myDao) { ... 
  }
}

Теперь Spring должен всегда иметь возможность автоматически подключать его. Также это хорошо, потому что вы можете быть уверены, что у вас всегда будет правильная реализация.

РЕДАКТИРОВАТЬ: Как я делал в вашем коде с @Qualifier, аннотации могут быть достигнуты с помощью имени в аннотациях компонента, т.е.: @Component("myComponent")