файлы не отображаются в git клиентском sourcetree

scanf оставляет пробел во входном буфере, включая символы новой строки. Чтобы использовать fgets для чтения следующей строки, вам нужно вручную удалить оставшуюся часть текущей строки:

int c;
do{
    c = getchar();
}while(c != EOF && c != '\n');